平行志愿的弊端
其一是许多高水平大学的部分专业很少有第一志愿考生，甚至冷门专业都是调剂过来的考生，专业思想很成问题。有一种说法：“本科选学校，硕士选专业，博士选导师”，于是许多人认为，本科最重要的是考上一所高水平大学，从而导致部分学生在自己不喜欢的'学科专业，学习动力不足。
其二是生源单一化，分数扁平化，原来一些大学能录取到部分分数比较高的考生，这些考生在大学中表现相对突出，不仅对这些大学有利，实际上也为这些考生提供了较大的发展空间。实行平行志愿，学生的程度比较整齐划一，降低了学生群体的多样性。
其三便是“分数至上主义”，实行平行志愿的录取办法，进入中国高考历史上最重视分数的时期。高等学校基本上没有了什么招生自主权，招生办变成了“接生办”。
平行志愿的特点是什么
1.志愿并列。考生所填报的多个院校相互并列。即在同一投档时间段，考生所填院校均有可能被检索。
2.位次优先。在检索考生填报的院校志愿前，首先要将所有考生分科类按投档分(高考总分加政策照顾分)从高分到低分进行位次排列。投档检索时，先从最高位次考生志愿检索，再依次检索以后位次的考生志愿。
3.遵循志愿。考生所填报的多个院校仍有自然顺序。检索考生所填报的几个院校志愿时，是按考生填报志愿时排列的院校自然顺序依次进行的。当考生的投档分达到首先被检索到的院校投档线时，该生即投到该院校，由高校择优录取。考生档案一旦投出，即不再检索该生的其它志愿。
4.一轮投档。由于考生所报志愿是平行的，故投档检索只能进行一轮。如果考生因几个平行志愿均未满足条件而未被投档，或投档后被院校择优后退档，就只能参加征集志愿或下一批次录取。