成立时间不同：
明朝万历年间，朝廷为了处理有关国家大事的案件，专门成立了一个集武林高手、密探、捕快和杀手于一体的'秘密组织。因为这个组织的秘密性，又因为总部大殿是一个坐北朝南、东南西三面开门、每面两扇门总共六扇，所以叫做“六扇门”。
洪武十五年（1382 年），朱元璋设置锦衣卫。初始职能为三项：其一，守卫值宿；其二，侦察与逮捕；其三，典诏狱。此三项职能在一段的时期内并未设立供其稳定实施的制度。
明宪宗时为加强特务统治，于成化十三年（1477年）于东厂之外增设西厂，与东厂及锦衣卫合称厂卫，用太监汪直为提督，其权力超过东厂，活动范围自京师遍及各地。后因遭反对，被迫撤销。正德元年短暂复开五年后又被撤销。
明成祖于永乐十八年(1420年)设立东缉事厂（简称东厂），由亲信宦官担任首领。东厂是世界历史上最早设立的国家特务情报机关，其分支机构远达朝鲜半岛。
工作内容不同：
“六扇门”通常只接手江湖帮派斗争和久为官府通缉的要犯。作为皇帝侍卫的军事机构，锦衣卫主要职能为“掌直驾侍卫、巡查缉捕”，从事侦察、逮捕、审问等活动。也有参与收集军情、策反敌将的工作，如在万历朝鲜战争中收集了大量的日军军情。东厂权力在锦衣卫之上，只对皇帝负责，不经司法机关批准，可随意监督缉拿臣民，从而开明朝宦官干政之端。