学校的前身是1947年8月在河北省平山县西柏坡开办的中央工委青年干部训练班，先后更名为南京机要学校、北京机要学校、宣化机要学校；1981年升格为北京电子专科学校；1992年，升格为北京电子科技学院。
据2019年6月学校官网显示，学校占地140余亩，建筑面积7万4千余平方米；设有4个系、2个教学部；开设9个本科专业；拥有1个一级学科硕士学位授权点，1个硕士专业学位授权点（包括2个领域），有全日制在校生2000余人。2003年教育部批准学院与西安电子科技大学开展联合培养密码学硕士学位研究生工作，2004年学院开始与西安电子科技大学联合招收全国统考硕士学位研究生，2011年学院与西安电子科技大学签订了增补专业联合培养硕士学位研究生协议，联合培养学术性研究生学科在单一的密码学基础上增加了通信与信息系统、计算机应用技术两个学科。