1、范围不同。独立学院是学院的一种。
学院可以作为独立的学校，同时很多大学也拥有自己下属的二级学院（与系相同）或普通高等学校与国家机构以外的社会组织或者个人合作设置的独立学院。
2、独立性不同。独立学院有独立的校园和基本办学设施，实施相对独立的教学组织和管理，独立进行招生，独立颁发学历证书，独立进行财务核算，应具有独立法人资格，能独立承担民事责任。而一般大学的二级学院则是依附于大学。
3、性质不同。
独立学院是民办学院，利用非国家财政性经费举办的实施本科学历教育的高等学校，因而独立学院学费是公立大学的三到四倍。
学院作为一般本科院校时，国家财政会给予相当大的经费支持，所以学费也会相对便宜。
国家规定，申请者要对独立学院的教学和管理负责，并保证办学质量；合作者要负责提供独立学院办学所需的各项条件和设施，参与学院的管理、监督和领导。
独立学院应具有独立的法人资格，独立的校园校舍，独立进行教学和财产管理，独立招生和颁发毕业证书。由于独立学院属于本科层次，所以由教育部负责审批。
凡未经教育部审批的，国家均不承认其学历。独立学院在特定情况下有时也被称为“独立二级学院”，它与公办大学内部各下属的二级学院有区别。
独立学院的招生是通过学院办学所在的省市，根据参加全国高考统一招生的招生录取的。独立学院的毕业生将获得国家承认的学历证书。对学习期满且成绩合格的学生，发给独立学院的毕业证书；符合学位授予条件的，授予独立学院的学士学位证书。
独立学院与大学内部下属二级学院的重要区别还在于其部分独立性。
独立学院有独立的校园和基本办学设施，实施相对独立的教学组织和管理，独立进行招生，独立颁发学历证书，独立进行财务核算，应具有独立法人资格，能独立承担民事责任。
独立学院还按国家有关教育事业统计工作的规定，独立填报《高等教育基层统计报表》。
独立学院与大学内部下属二级学院的区别还在于其部分的民办性。独立学院由于其独立性，其经费来源不是来自国家拨款，而是由学院的举办方通过各种方式筹集得到，在经费、学费和其他一些相关的管理上也都是参照民办大学的方式进行管理。
独立学院正逐渐成为当前和今后一个时期内，中国高等教育发展的重要组成部分。