主要内容包括把辽东半岛、台湾岛及其附属岛屿，澎湖列岛割让给日本，开放沙市、重庆、苏州、杭州为通商口岸，允许日本在中国开办工厂，赔偿日本军费白银二亿两。
在最后谈判的时候，李鸿章也向日方苦苦哀求希望能够减轻勒索，但是遭到了拒绝。
而且日本在马关条约中获得了军费2亿两，还有赎辽费3000万两。
确认朝鲜独立，长江、西江、吴淞江及运河等内河航行权范围，而且赔偿日本的'军费需要分八次交完，在三年之内全数清还。
马关条约让日本获得了非常大的利益，同时也使中国民族半殖民地化程度大大加深。
可以说马关条约是继南京条约以来最严重的不平等条约，当时的帝国主义国家援引片面的最惠国待遇，获得了马关条约中除了割地赔款以外中国给予日本的所有特权。