民办大学的毕业证和公办大学的毕业证在本质上没有什么区别，都是国家教育部认可、颁发并承认的学历证明，换言之，高校毕业证就是只有专科、本科、硕士研究生或者博士研究生等学历之分，而从毕业证上并无体现民办大学还是公办大学之区分！
公办的三本，由各大高校负责管理，民间投资建校的一种三本模式。区别在于公办三本依托本部的资源，而民办三本是自己管理自己办。民办院校也属于高考统招，其毕业证是国家承认的。少数三本大学是经批准的省属普通本科院校，按教育成本收取学费，被定为国有高校实行新的管理模式和运行机制的试点单位。
对于就业，国企和某些政府事业单位会比较在意是否为公办院校毕业生，比如考录公务员或事业单位工作人员、国企职员，面试的时候存在劣势。大型企业（私企）的正式人员招录中，也会比较在意学历。