1. 表示场所，意为“在……旁边”“在……近旁”“在……手边”，此时要注意它与介词near有所不同，即by 表示的距离更“近”。比较：
He lives by the sea. 他住在海滨。
He lives near the sea. 他住在离海不远处。
2. 表示动词执行者，主要用于被动语态，此时要注意它与介词with的区别：by 表示动作的主体，with 表示动作者的手段工具。如：
The house was destroyed by fire. 此屋被大火烧毁。（fire是动作的.主体，此句的主动形式为Fire destroyed the house.）
The house was destroyed with fire. 此屋是（被人）用火烧毁的。（fire只是工具，动作的主体另有其人，此句可认为省略了一个by短语，如by someone之类的，其主动形式可以是 Someone destroyed the house with fire.）
3. 表示手段或方式等，注意以下用法：
(1) 表示“乘”“坐”时，其后接交通工具（如 bus, bike, train, plane, car, taxi, ship等）或与交通工具密切相关的名词（如air, water, land, road等），在句中主要用作方式状语，其中通常不用冠词或其他限定词。如：
They came here by the first bus. 他们是坐第一班车来的。
但是，若表示交通工具的名词前插有定语修饰语，则也可以用冠词。如：
We’re going by the 9:30 train. 我们坐9:30的火车去。
We went to Shanghai by a large ship. 我们乘一艘大船去上海。
注意，汉语说“步行”，英语习惯上用on foot, 而不用 by foot。