上海海关学院前身为创建于1953年的上海海关学校；1980年5月，经国务院批准，升格为上海海关专科学校；1996年4月，原国家教委批准学院更名为上海海关高等专科学校；2007年3月，经教育部批准，设立上海海关学院。2018年5月，学校获批成为硕士学位授予单位。
截至2020年12月，学校校园占地面积521亩，下设苏州分校，占地133亩，占地面积312250平方米，教学科研仪器设备总值8853.60万元；设有8个教学院（系、部），设置10个本科专业，2个硕士专业学位授权点；学校教师总数147人，其中教授19人，在校生总规模为2710人。