2002年，由原巢湖卫生学校、巢湖农业学校（安徽省土地管理学校）、巢湖财政学校合并升格为巢湖职业技术学院。随后，安徽省汽车运输高级技工学校、安徽广播电视大学巢湖分校和巢湖商业干部学校先后并入。2012年4月，教育部批准巢湖职业技术学院更名为合肥职业技术学院。
学校拥有2个校区，学校现占地面积1260亩,总建筑面积约50万平方米，总投资约23亿元；现有教职工602名，其中专任教师505人，教授30人，副高以上职称教师150人，校内外兼职教师175人；拥有纸质图书60余万册，电子图书36TB，纸质中外文期刊650余种，电子期刊8596种；有校内实验实训室216个，校外实习实训基地140个，教学用计算机4000余台。学校获得“省校企合作示范基地”“省级创业学院”称号。