学校前身是1980年成立的新中国第一所职业大学——金陵职业大学和1958年成立、1984年复建的南京农业专科学校。2002年6月经教育部和省市政府批准，两校合并筹建金陵科技学院，2005年3月正式成立。
截止2018年12月，学校拥有江宁、幕府、白下三个校区，主校区位于江宁大学城。学校占地总面积101.64万平方米，校舍总面积64.69万平方米，资产总值19.48亿元。
学校不断加强人才队伍的.内培外引，努力构建一支具有“双师双能”素质、适应应用型人才培养需要的高素质师资队伍。现有在职教职工近1500人，其中正高级职称近120人，双聘院士1人，聘请了国内外4位院士为学校荣誉（名誉）教授，另有一批国务院特殊津贴获得者。