“211工程”所需建设资金，采取国家、部门、地方和高等学校共同筹集的方式解决。按现行高等教育管理体制，建设资金主要由学校所属的部门和地方政府筹措安排，中央安排一定的专项资金给予支持，对工程建设起推动、指导和调控作用。
部门和地方政府的专项资金，优先保证国家重点学科、高等教育公共服务体系建设的需要，并安排好有关高等学校上水平所必须的.基础设施建设。中央专项资金主要用于国家重点学科和高等教育公共服务体系的建设，补助少数高等学校整体水平提高所需基础设施的建设。
“九五”期间，“211工程”在99所高校中实施建设，主要安排了602个重点学科和两个全国高等教育公共服务体系建设项目。
“十五”期间，“211工程”在107所大学中实施建设，主要安排了821个重点学科和三个全国高等教育公共服务体系建设项目。
到2005年，中国共计75个学科进入了ESI的数据库中前1%，涉及到21所高校，而这些高校全部都是“211工程”的学校，而且主要集中在材料科学、化学、物理学、工程学和计算机学科，这些学科都是“211工程”的重点建设的学科。
根据ESI所提供的统计结果，清华大学材料学科在1995年到2005年期间发表的SCI论文总数为3677篇，排在世界大学的第二位，这个学科在世界排在第二位。
根据ESI数据统计结果，1995到2005年的“211工程”建设十年当中，北京大学化学学科在SCI发表的论文数是4526篇，列世界大学的第15位，论文引用数是23778位，排在世界大学的第103位。
中南大学发挥有色金属资源与材料领域长期积淀的学科特色，以先进的有色稀有金属与粉末有金材料，有色金属资源快速勘察与可持续发展等“211工程”建设项目为纽带，然后建成了在地质、采矿、选矿、冶金、材料、机械六大领域，以国家重点学科为支撑，完备的有色金属材料与资源学科创新体系。
清华大学就面向国家发展的战略需求，对信息能源、材料等学科进行了布局调整，推进学科群的建设。
南京大学采用学科特区的建设模式，这对某一些学科非常重要，由于高校内部的体制不一定整体上能够到位，可以在有局部建立一些学科布局，这吸取了中国经济建设像深圳特区的一些发展和经验。