学校创建于1958年7月，由原上海第二医学院分迁和安徽医学院援建而成，1968年改称蚌埠反修医学院，1970年9月，与安徽医学院合并，改名为安徽医学院蚌埠分院，1974年6月，恢复称蚌埠医学院。
截至2018年9月，学校有龙子湖校区、治淮校区、宏业校区和淮上校区4个校区，占地面积 1580 余亩，总建筑面积达 46.37 万平方米。有全日制本科在校生 13044名，硕士研究生1058 名，其中外国留学研究生7名。学校现有6个一级学科硕士学位授权点和5个硕士专业学位授权类别，36个二级学科授权点，临床医学学科进入美国基本科学指标（ESI）全球排名前 1%。