1959年，《中共中央关于在高等学校中指定一批重点学校的决定》确定20所高校为全国重点大学；1960年，《中共中央关于增加全国重点高等学校的决定》又增加了44所大学为全国重点大学；1978年，《国务院转发教育部关于恢复和办好全国重点高等学校的报告的通知》确定88所大学为全国重点大学，至1981年陆续追加11所，以上为计划经济年代的重点大学概念。
1995年－2008年间中央政府先后确定112所大学为“211工程”重点建设大学。1998年中央政府确定39所大学为“985工程”重点建设大学 ，2012年中央政府确定中西部24个省、自治区、直辖市的100所高校为“中西部高校基础能力建设工程”重点建设大学；确立中西部14个没有教育部直属大学的省、自治区的14所高校为“中西部高校综合实力提升工程”大学。
2015年10月，国务院印发《统筹推进世界一流大学和一流学科建设总体方案》，将“211工程”、“985工程”、“优势学科创新平台”、“特色重点学科项目”等重点建设项目，统一纳入世界一流大学和一流学科建设，并于2017年9月公布入选高校及学科名单，由此开启“双一流”高校建设新篇章。
现代意义上的`重点大学包括入选上述几大国家层面高校重点建设工程的高校以及未被纳入国家重点建设工程的原全国重点大学，目前中国国家性的重点大学有100所左右。此外还有地方政府确立的省属重点大学、市属重点大学等。