赣南师范大学音乐学院办学历史始于1960年9月的赣南师范专科学校艺术科，后来成立了艺术系（含音乐与美术两个专业）。2000年3月从艺术系分离出来，成立了音乐系；2004年，在音乐系的基础上成立了音乐学院。1994年开始招收音乐学（含舞蹈方向）本科专业；2002年开始招收舞蹈学本科专业，2013年开始招收舞蹈表演本科专业；2006年开始招收攻读“音乐课程与教学论”硕士学位研究生；2012年开始招收音乐与舞蹈学硕士研究生；2013年开始招收教育硕士学科教学（音乐）专业学位研究生；2015年开始招收艺术硕士（含音乐、舞蹈、戏曲三个领域）专业学位研究生，现已自主设置和备案了一个二级学科硕士学位授权点，2016年开始招生。
音乐学院有三个硕士学位授权点，四个本科专业（音乐学、音乐表演、舞蹈学、舞蹈表演）。